Chương trình KSH đã được nghiên cứu và ứng dụng ở Việt Nam từ những năm 1960. Lịch sử phát triển chương trình KSH ở Việt Nam có thể được chia thành 4 thời kỳ như sau: 1. Thời kỳ 1960 - 1975 Ở miền Bắc Việt Nam những thông tin về việc sử dụng KSH trong phong trào “Đại nhảy vọt” của Trung quốc vào những năm 1957-1960 đã gây được sự chú ý của nhiều người. Tại một số địa phương, nhiều cá nhân và cơ quan đã tìm hiểu và xây dựng thử các thiết bị KSH như Hà Nội, Bắc Thái, Hà Nam Ninh, Hải Hưng. Tuy nhiên, vì những lý do về kỹ thuật và quản lý, các công trình này không đạt hiệu quả mong muốn. Ở miền Nam Việt Nam, năm 1960 Nha Khảo cứu và Nông lâm súc của chính quyền Sài Gòn có thí nghiệm biện pháp sản xuất khí metan từ phân động vật, nhưng do việc nhập cảng ồ ạt các loại khí đốt Butan, Propan và phân hoá học nên ý đồ triển khai việc nghiên cứu đã không được thực hiện. 2. Thời kỳ 1976 - 1980 Sau khi đất nước thống nhất (1975), trước nhu cầu phát triển kinh tế-xã hội hoá, nâng cao mức sống của nhân dân, các dạng năng lượng mới và tái tạo nói chung, trong đó có KSH nói riêng lại được chú ý tới. Thiết bị sản suất KSH được lựa chọn để thử nghiệm ban đầu thuộc loại nắp nổi bằng tôn, bể phân huỷ xây bằng gạch và cổ bể có gioăng nước để giữ kín khí được tích trong nắp chứa khí. Tuy nhiên, những công trình này đã phải bỏ dở vì những lý do kỹ thuật và quản lý. Tới cuối năm 1979, công trình KSH ở nông trường Sao Đỏ (Mộc Châu, Sơn La) có thể tích phân huỷ Vd = 27m3 đã hoàn thành và hoạt động tốt. Kết quả này là nguồn cổ vũ khích lệ lớn đối với cán bộ nghiên cứu, những nhà quản lý và nhân dân, đặt cơ sở cho việc triển khai tiếp tục công nghệ KSH sau này. 3. Thời kỳ 1981 - 1990 Trong hai kỳ kế hoạch 5 năm, từ 1981-1985 và 1986-1990 công nghệ KSH đã trở thành một trong những lĩnh vực ưu tiên trong Chương trình nghiên cứu cấp nhà nước về Năng lượng mới (mã số 52C). 

Đến năm 1990, nhiều tỉnh trong toàn quốc đã có những công trình KSH được xây dựng. Phát triển mạnh mẽ nhất là các tỉnh ở phía Nam vì có những điều kiện thuận lợi về kinh tế-xã hội và khí hậu. Tính chung trong toàn quốc thời kỳ này có khoảng trên 2.000 công trình. 4. Thời kỳ 1991 tới nay Sau khi kết thúc kế hoạch 1986-1990, chương trình 52C giải thể. Hoạt động nghiên cứu và triển khai về năng lượng mới (NLM) không được đưa vào chương trình Năng lượng của nhà nước, việc phát triển NLM bị chững lại. Từ năm 1993 tới nay, công nghệ KSH được phát triển mạnh mẽ trong khuôn khổ các Dự án về vệ sinh môi trường, nông nghiệp và phát triển nông thôn với nhiều kiểu thiết bị KSH mới. Thiết bị dạng túi chất dẻo PE theo mẫu của Cô-lôm-bi-a, được phát triển nhờ Dự án SAREC- S2-VIE22 do Viện Chăn nuôi Quốc gia, Hội làm vườn Trung ương (VACVINA), Cục Khuyến nông và Khuyến lâm và Đại học Nông - Lâm thành phố Hồ Chí Minh triển khai. Thiết bị nắp cố định có vòm bán cầu bằng compozit, phần dưới xây bằng gạch lúc đầu có dạng hình trụ, nay “cải tiến” thành dạng hình hộp do Trung tâm Tư vấn Hỗ trợ phát triển nông thôn (RDAC) thực hiện. Bên cạnh đó, nhiều Sở Khoa học công nghệ cũng tự nghiên cứu và đưa ra những kiểu riêng như Phú Thọ, Quảng Trị... Tóm lại, trong giai đoạn này do không có tổ chức đầu mối quản lý, nên việc phát triển công nghệ KSH rất đa dạng và tự phát. Để thống nhất quản lý nhà nước về công nghệ KSH, Bộ Nông nghiệp và PTNT đã ban hành Tiêu chuẩn ngành về Công trình KSH qui mô nhỏ. Tới nay ước tính số lượng công trình KSH đang hoạt động trong toàn quốc vào khoảng trên 100.000 công trình, trong đó có gần 30.000 công trình là loại công nghệ túi ni lông. Tỉnh dẫn đầu về số lượng loại này là Tiền Giang với trên 5.000 túi. Về loại thiết bị nắp cố định, tỉnh dẫn đầu là Hà Tây với khoảng trên 7.000 công trình, nhiều nhất là ở huyện Đan Phượng.